Издательство Academia было зарегистрировано в Петрограде 31 декабря 1921 года для публикации трудов Философского общества. Создание негосударственного издательства стало возможным благодаря началу нэпа (12 декабря 1921 года был принят декрет Совнаркома «О частных издательствах», разрешавший их деятельность). Первым директором издательства стал А. А. Кроленко.

В конце 1928 года начались целенаправленные репрессии в отношении ГИИИ. В это же время Academia была выведена из-под юрисдикции института. Многие частные и кооперативные издательства в это время были закрыты, однако Academia уцелела: Ленобллит (цензурный орган) полагал, что его нужно сохранить, «как издающего высокую по качеству литературу, в большинстве не издаваемую государственными издательствами», но при этом «поставить вопрос об изменении руководящего состава редакции с тем, чтобы обеспечить хозяйственное и идеологическое руководство» (ЦГАЛИ СПб. Ф. 281. Оп. 1. Д. 19. Л. 141, цит. по: Блюм А. В. За кулисами «Министерства правды»: Тайная история советской цензуры, 1917–1929. СПб., 1994).

В 1929 году издательство Academia было перенесено из Ленинграда в Москву (где и прежде существовало его отделение). Издательство стало акционерным обществом, учредителями которого были Наркомпрос, Главное управление по делам художественной литературы и искусства и Государственное акционерное общество «Земля и фабрика». Директором издательства стал ставленник ЦК ВКП(б) П. И. Чагин, редактор «Красной газеты» и газеты «Заря Востока». Временно исполняющим обязанности заведующего стал И. И. Ионов. В 1931–1932 годах он возглавлял издательство. Затем его директорами были Л. Б. Каменев (в 1933–1934 годах) и Я. Д. Янсон (в 1935–1937 годах).

В московский период существования издательство специализировалось в первую очередь на качественном издании литературных и историко-культурных памятников, снабженных серьезными научными комментариями и иллюстрациями.

Публикации издательства подвергались жесткой цензурной правке. Только в одном «Кратком обзоре издательства «Academia» за декабрь 1931 — январь 1932 года ленинградского Горлита (который, наряду с московским, часто контролировал продукцию «Академии») обращено внимание на три крупных идеологических просчета, допущенных в подготовленных А. М. Эфросом «Неизданных письмах» Салтыкова-Щедрина. «Идеологические вмешательства» произведены были также в двух сборниках фольклорных текстов, подготовленных и выпущенных издательством. По поводу одного из них — сборника «Русская сказка» под редакцией крупнейшего фольклориста М. К. Азадовского, имеется следующая резолюция:

Книга особой ценности не представляет, но как экспортный товар может пойти. Сделан ряд вычерков порнографического характера и один вычерк идеологический.

Цензуре был подвергнут и сборник «Загадки» М. А. Рыбниковой:

Книга предназначена на экспорт. Сделаны вычерки (до 50-ти) порнографического, религиозного и антисоветского характера. Книга послана на согласование в Москву, где просмотрена Главлитом. Часть вычерков восстановлена Главлитом, но с большинством Главлит согласен.

Цензурному контролю подвергались даже исторические труды и источники, выпускаемые издательством, такие как сочинения протопопа Аввакума, «Лаврентьевская летопись». Они характеризовались как «не имеющие большого исторического значения». Издательству ставилось в вину «сознательное игнорирование современности», «любование и увлечение прошлым, «отсутствие классовых оценок» (Блюм А. В. Советская цензура в эпоху тотального террора. 1929–1953. СПб.: Академический проект, 2000).