Здесь же во дворе, фактически со стороны Варсонофьевского переулка, в глубине здания с 1918 года располагался гараж ВЧК, а впоследствии — гараж-спецавтобаза ОГПУ-НКВД-КГБ. Пост начальника комендатуры ОГПУ-НКВД-МГБ с 1926 по 1953 год занимал Василий Васильевич Блохин. На этой территории было оборудовано специальное помещение для регулярных массовых расстрелов, функционировавшее в течение нескольких десятилетий. Есть сведения об «обитых цинком подвалах под гаражами автобазы, которые использовались по назначению с 1918 года. Эти подвалы функционировали как место приведения приговоров в исполнение до 1948 года, после чего были засыпаны строительным мусором». (ГАРФ. Ф. Р9423. Оп. 27. Д. 65) В 1937–1940 годах казни в Варсонофьевском были особенно частыми. По самым приблизительным оценкам, здесь было расстреляно от 10 000 до 15 000 человек. В комендатуре круглосуточно дежурили расстрельные бригады. Наиболее известными исполнителями расстрелов, помимо лично Василия Блохина, были Петр Магго, Эрнст Мач, братья Иван и Василий Шигалевы. В спецгруппу также входил начальник автоотдела ОГПУ Петр Яковлев.

Лев Емельянович Влодзимирский с 1937 года был назначен заместителем начальника 1-го отделения 4-го отдела (секретно-политического) ГУГБ НКВД СССР. В задачи этого отделения входила борьба с бывшими оппозиционерами. В 1937 году его произвели в старшие лейтенанты ГБ. Влодзимирский специализировался на ведении следствия. Ему сразу же поручили дела важнейших арестованных. Под пытками он добивался признаний от подследственных в «вражеской деятельности», в «руководстве троцкистской организацией» и т. д. Карьера Влодзимирского быстро шла вверх, в 1941 году он возглавил следственную часть по особо важным делам НКГБ СССР, получил звание старшего майора ГБ, сохранял свой пост начальника следчасти при всех переформированиях НКВД-НКГБ-МГБ. Затем при Абакумове был вытеснен и вернулся в МГБ сразу после смерти Сталина, благодаря Берии, в роли начальника следственной части по особо важным делам МВД СССР. Уже летом 1953 года был арестован как «член банды Берии». После нескольких месяцев следствия, 23 декабря 1953 года, Влодзимирскому был вынесен смертный приговор, в тот же день он был расстрелян и в тот же вечер — кремирован в Донском крематории.

Фрагмент показаний Влодзимирского на следствии:

Гр[аждан]ку Кулик мы с Мироновым доставили в помещение НКВД в Варсонофьевском переулке. Нас там встретил во дворе комендант Блохин, который вместе с Мироновым отвел ее во внутреннее помещение нижнего этажа здания. Я с ними прошел в первое помещение и остался в нем, а Блохин с Мироновым провели гр. Кулик в другое помещение, где ее и расстреляли.
Через несколько минут, когда мы вышли уже во двор с Мироновым и Блохиным, к нам подошли прокурор Бочков и заместитель наркома внутренних дел СССР Кобулов. Я хорошо помню, как Блохин при мне доложил им, что приговор приведен в исполнение. Бочков тогда выругал Блохина, сделав ему строгое замечание, что он привел приговор в исполнение, не дождавшись его и Кобулова.

РГАСПИ. Ф. 17. Оп. 171. Д. 465. Л. 142–151