Спецобъект «Коммунарка» располагался на 24-м километре Калужского шоссе недалеко от одноименного объекта, также подведомственного НКВД (с/з «Коммунарка»), на территории дачи бывшего наркома внутренних дел Генриха Ягоды, арестованного в марте 1937 года. В качестве спецобъекта этот участок начинает функционировать примерно с сентября 1937 года. Здесь производили захоронения расстрелянных, вероятно, здесь же совершались сами расстрелы. Сюда попадали приговоренные к смертной казни «тройками» и Военной коллегией Верховного суда СССР. До момента принятия решения они содержались во Внутренней тюрьме на Лубянке, Лефортовской и Сухановской тюрьмах.

На сегодняшний день известны имена 6609 человек, захороненных на территории «Коммунарки», среди них как реабилитированные жертвы террора, так и непосредственные организаторы и участники репрессий (в том числе, сам Генрих Ягода). Краткие биографические справки на 4527 человек представлены в одной из Книг памяти жертв политических репрессий, составленных обществом «Мемориал».

Особенность «Коммунарки» как «особой зоны» в том, что здесь хоронили в основном представителей советской партийной элиты — военачальников, членов правительства, кандидатов в члены ЦК ВКП(б), наркомов, министров как СССР, так и иностранных государств, дипломатов, советников посольств, разведчиков, директоров различных предприятий и т. д. Из наиболее известных можно назвать Н. И. Бухарина, А. И. Рыкова, А. И. Верховского, П. Е. Дыбенко, Я. Х. Петерса, М. И. Лациса, В. С. Лазаревича, Н. В. Крыленко, С. Я. Эфрона. Однако еще точнее будет сказать, что на территории «Коммунарки» захоронены останки преимущественно тех граждан, которые к моменту начала массовых репрессий второй половины 1930-х годов занимали определенное положение в советском обществе, а именно — принадлежали к образованным слоям общества и обладали высоким социальным статусом, будучи успешными в своей профессиональной деятельности.

Предположительно, последние захоронения расстрелянных на «Коммунарке» производили в 1941 году.

Как и многие другие документы о политических репрессиях в Москве, материалы, посвященные особенностям функционирования территории спецобъекта «Коммунарка» в 1930-е – 1940-е годы, не сохранились или остаются недоступными, многие полны противоречий и недомолвок.