Геологический институт Академии наук был создан в 1930 году в Ленинграде в результате разделения Геологического музея на три самостоятельных института: Геологический (ГИН), Петрографический (ПЕТРИН) и Палеозоологический (ПИН). В 1934 году было принято решение о переводе института, как и всех подразделений Академии наук, в Москву. С 1935 года и по сей день институт располагается в Пыжевском переулке.

В 1949 году директор Геологического института АН СССР — академик И. Ф. Григорьев, специалист по полиметаллическим месторождениям Алтая и оловянно-вольфрамовым месторождениям СССР, был арестован и стал одним из главных обвиняемых так называемого секретного «красноярского дела». По безграмотному в научном отношении доносу корреспондента газеты «Правда» А. Ф. Шестаковой множество геологов было обвинено в сокрытии урановых месторождений на территории Красноярского края (несмотря на то, что, по свидетельству ученых, в Сибири никогда не было урана).