Несмотря на очевидную ненаучность марристской теории, ее влияние было огромным. Причин этому можно выделить несколько. В. М. Алпатов пишет: «Марр несомненно был яркой личностью, обладал обширными, хотя и нередко поверхностными познаниями, и умел привлекать к себе людей. В то же время он всегда был властным и не терпевшим возражений человеком. Другим элементом истины был тот кризис в развитии мирового языкознания, который заметил и использовал, в своих целях Марр. <…> Идеи Марра были одной из попыток его преодоления, поначалу казавшейся интересной уже потому, что „новое учение“, отказываясь от традиционных постулатов, сохраняло привычное для многих понимание языкознания как исторической науки <…> Марр ориентировался на представления именно 20-х годов, когда ждали скорой мировой революции, построение коммунизма казалось делом близкого будущего и многие всерьез надеялись успеть поговорить с пролетариями всех континентов на мировом языке» (Алпатов В. М. Марр, марризм и сталинизм).

Кроме того, Марр резко противопоставлял свое учение дореволюционной и западной науке, что также отвечало духу времени:

Сама индоевропейская лингвистика есть плоть от плоти, кровь от крови отживающей буржуазной общественности, построенной на угнетении европейскими народами народов Востока, их убийственной колониальной политикой.

Марр Н. Я. Избранные труды. М.-Л., 1936. Т.III

Опять же в духе времени с 1928 года Марр начал активно дополнять свои сочинения цитатами из классиков марксизма-ленинизма. В том же году в Комакадемии была создана подсекция материалистической лингвистики во главе с Марром. Другие лингвисты, не принимавшие марровского учения, уже в конце 20-х годов испытывали большие трудности в работе, против них выдвигались различные политические обвинения. В 1932 году в Ленинграде был издан сборник статей марристов «Против буржуазной контрабанды в языкознании», где в «контрабандисты» было зачислено около трех десятков ведущих ученых. Лингвисты, сохранявшие хоть какую-то независимость в работе, подвергались травле.

Марристы в духе эпохи (который они во многом задавали) пользовались той же военизированной лексикой, что и их оппоненты: ср. название статьи апологетов марровского учения В. Б. Аптекаря и С. Н. Быковского «Современное положение на лингвистическом фронте и очередные задачи марксистов-языковедов» (Л., 1931).

Однако неожиданно 9 мая 1950 года в газете «Правда» была объявлена дискуссия по вопросам языкознания, начатая статьей против Марра, написанной академиком АН Грузии А. С. Чикобавой. Далее в «Правде» печатались статьи противников Марра (А. С. Чикобава, Б. А. Серебренников, Г. А. Капанцян, Л. А. Булаховский), его защитников (И. И. Мещанинов. Н. С. Чемоданов, Ф. П. Филин, В. Д. Кудрявцев) и сторонников компромиссной позиции (В. В. Виноградов, Г. Д. Санжеев, А. И. Попов, С. Д. Никифоров). 20 июня в рамках дискуссии появилась статья Сталина «Относительно марксизма в языкознании», содержавшая резкую критику «марризма. 4 июля газета напечатала ответ Сталина Е. Крашенинниковой, а 2 августа — еще три его ответа на письма читателей. Эти публикации составили текст под общим названием «Марксизм и вопросы языкознания», изданный огромным тиражом. В. М. Алпатов предполагает, что причина вмешательства Сталина во внутринаучную ситуацию могла заключаться в несоответствии идей Марра, ориентированных на умонастроения 20-х годов, политической линии Сталина послевоенных лет, когда ушли в прошлое мечты о всемирной революции и общем пролетарском языке. «В этих условиях отрицание Марром национальных границ и рамок и особой роли русского языка, полное отвержение старой науки, требование форсировать создание всемирного языка не могли нравиться Сталину. Недаром Сталин сопоставил Марра с пролеткультовцами и рапповцами. Марр оказывался удобным примером для осуждения неприемлемых к тому времени для Сталина, но еще не забытых идей 20-х годов» (Алпатов В. М. Марр, марризм и сталинизм).

Новым главой советской лингвистии стал академик В. В. Виноградов, до того переживший два ареста и две ссылки, а еще недавно — в 1948–1949 годах — разоблачавшийся как «буржуазный лингвист» и снятый с должности декана филфака МГУ.

Бывшие марристы теперь должны были публично каяться и отказываться от своих прежних заблуждений так же, как под их давлением делали те, против кого они боролись два десятилетия. Однако они не были арестованы, и мало кто был уволен с работы (уволен из Московского института востоковедения как «неразоружившийся маррист» был, в частности, уже упоминавшийся Н. Ф. Яковлев, тяжело переживавший все перипетии идеологического диктата в науке). Однако некоторые из них и далее успешно продвигались по карьерной лестнице, приспособившись к новым обстоятельствам. Так, один из рьяных сторонников марризма и организатор кампании по травле противников «нового учения о языке» Ф. П. Филин вначале был снят с административных постов, а на его работы запрещено было ссылаться, но в 1960-е годы его карьера снова пошла в гору: он стал директором Института языкознания АН СССР, затем Института русского языка АН СССР, а также главным редактором журнала «Вопросы языкознания».