Если в 1920 году больница вмещала приблизительно 250 человек, то в конце 1921 года количество мест было сокращено до 150, затем до 100. К 1927 году больница располагала 125 койками. Использовалась для размещения больных женщин из мест заключения Москвы и Московской губернии, а также из других частей страны. Находилась в ведении Мосздравотдела и карательного отдела Народного комиссариата юстиции.

В 1922 году больница перешла в ведомство Главного управления местами заключения по Москве НКВД РСФСР. Летом 1925 года была переименована во 2-ю Московскую женскую больницу мест заключения. В соответствии с отчетом начальников московских мест заключения за 1925–26 годы, управление больницей делилось на административную и медицинскую части. Административная часть отвечала за исполнение приговоров судебных учреждений, свидания, передачи и пр. и контролировала переписку заключенных.  При больнице были организованы политшкола, клуб-читальня, уголок Ильича и различные кружки: профкружок, ликвидация неграмотности, хоровой, драматический, физкультуры и др. В том же докладе приводятся сведения о больничных палатах:

1. Пост приватный;
2. Пост 8 одиночек, ванна, дежурная комната;
3. Пост 10 одиночек, уборная;
4. 8 одиночек, ванная, две перевязочных;
5. Три одиночки, пять больших палат, дежурная комната, перевязочная, родильная;
6. Дежурная комната врачей, столовая служащих, приемный покой, запасная комната, операционная, читальня для заключенных. Врачебный кабинет, лаборатория;
Кухня обслуживается тремя людьми, пища выдается каждой заключенной: обед в 2 часа дня, ужин в 5 вечера, кроме того, чай три раза в день.

ГАРФ. Ф. Р4042. Оп. 10. Д. 51. Л. 5

По состоянию на 1925 год в больнице было 8 отделений: нервное, детское, хирургическое, гинекологическое, акушерское, венерологическое, кожное и заразное.

По состоянию на 1924 год штат больницы был определен в 41 человека, кроме того для внешней охраны было выделено два поста 1-го москонвполка.

На 1928–1939 годы больница имела следующий врачебный персонал: