В ноябре 1969 года на собрании Академии общественных наук при ЦК КПСС в адрес Левады были выдвинуты различные обвинения идеологического характера, в том числе в отходе от «исторического материализма», «от социально-философских основ марксизма», в «непростительных уступках буржуазной социологии». В защиту Левады на этом собрании позволили выступить только одному человеку — основателю социологии в СССР Борису Андреевичу Грушину. Затем последовала разгромная статья в журнале «Коммунист». В результате Левада получил строгий партийный выговор, был снят с должности секретаря парторганизации института (9 декабря 1969 года) и отстранен от работы в МГУ.

В результате сектор Левады был расформирован, а он сам ушел работать в ЦЭМИ, который привечал многих участников диссидентского движения.

В 1971 году после скандала с Ассоциацией научного прогнозирования Румянцев вынужден был покинуть пост директора Института, около года исполняющим обязанности директора был Николай Иванович Лапин, который не стал проводить идеологические чистки, несмотря на давление.

В 1972 году новым директором Института стал Михаил Николаевич Руткевичем. Из-за конфликта с ним из Института ушли со своими сотрудниками Игорь Семенович Кон (заведующий отделом истории социологии), заведующие секторами Александр Абрамович Галкин и Евгений Аршакович Амбарцумов, заместитель директора Федор Михайлович Бурлацкий, Владимир Николаевич Шубкин.

«Золотой век» российской социологии закончился.