С середины 1920-х годов на протяжении почти десяти лет комендант Ваганьковского кладбища получал из ОГПУ направления на захоронение, в которых не названы имена, только количество трупов. Подпись коменданта стоит на целом ряде расписок в «принятии трупов для захоронения». Последние известные документальные источники относятся к весне 1936 года.

Во 2-м выпуске книги «Расстрельные списки» приводятся сведения о более чем тысяче человек, обвиненных в антисоветской, контрреволюционной деятельности, приговоренных к расстрелу и захороненных на Ваганьковском кладбище после приведения приговора в исполнение. Причем известны имена только тех, кто позже был реабилитирован, то есть реальное число захоронений может быть выше.

О точном месте захоронений сообщил сын одного из репрессированных, М. Ф. Горячев, который ссылается на слова генерал-майора КГБ Прилукова, руководившего работами по рассекречиванию архивов КГБ. Тайные захоронения проходили ночью на дальнем 58-м участке кладбища в овраге (в русле Ваганьковского ручья, Студенца, заключенного в коллектор). Факт ночных погребений подтверждает Георгий Илларионович Медведев, внук обновленческого архиепископа Георгия Жука, настоятеля кладбищенского храма в то время. Семья настоятеля проживала в подвале под храмом, один из сыновей работал могильщиком. Ночью его часто будили и отправляли хоронить тела на 6-й разряд кладбища, который соответствует современным 50-м участкам.

В книге «Священное Ваганьково» говорится о том, что могильщики, рывшие здесь могилы в более позднее время, находили вдоль всего оврага на глубине 0,5–1 м большое количество человеческих останков, которые они называли «расстрелкой».

На кладбище есть памятные знаки: большой каменный обелиск при входе на кладбище и крест у входа в храм.