В 1956 году Теплотехническая лаборатория стала источником серьезного идеологического скандала.

Из воспоминаний сотрудника Лаборатории Юрия Орлова о докладе Хрущева на XX съезде:

Я впервые ясно осознал страшный, невероятный масштаб преступлений. У власти стояли преступники и могли оказаться там снова, потому что в принципе структура не изменилась. Что делать? Наступил тот момент, к которому я, в сущности, готовился всю жизнь, — всю жизнь всматриваясь напряженно в это странное, смертоносное, пожирающее само себя общество. Я должен высказать открыто все, что я думаю о нем.

В марте 1956 года было организовано обсуждение доклада Хрущева в Лаборатории.

Из воспоминаний Юрия Орлова о своем выступлении:

Террор, проводившийся правительством, — начал я, — отразился не только на экономике страны, но и на всех сторонах советской жизни. Он изменил нас самих. Мы все, — продолжал я, — от обыкновенного рабочего до писателя, привыкли держать нос по ветру и приспосабливать наши души к текущей политике. Каждый привык послушно голосовать только «за» — и члены Верховного Совета, и члены Центрального Комитета, и каждый из нас.

Речь Орлова поддержали еще несколько человек.

Этому собранию было посвящено специальное постановление ЦК КПСС «О враждебных вылазках на собрании партийной организации Теплотехнической лаборатории Академии наук СССР по итогам XX съезда КПСС».

Было решение уволить и исключить из партии четырех человек.

Из речи директора А. И. Алиханова (по воспоминаниям Ю. Орлова):

— Слушайте. Если вы знали, что делали и на что шли, то вы герои. Если нет — дураки!
Мы молчали. Дураки? Или герои?
— Я звонил Хрущеву, просил за вас. Он сказал, что в Политбюро он не один. Другие требовали вашего ареста. Сказал, пусть радуются, что отделались увольнением. Прощайте.

Младшие научные сотрудники Юрий Федорович Орлов (р. 1924), Р. Г. Авалов, Вадим Е. Нестеров и старший техник Г. Е. Щедрин были уволены с работы и исключены из партии. Кроме того, Юрию Орлову не дали защитить уже готовую диссертацию, его научные статьи не публиковались, а имя выкидывалось из соавторов.

Из воспоминаний Юрия Орлова:

Когда нас возили в министерство, я интересовался там, по какой причине исключили мое имя из всех научных публикаций?
— Очень просто, — ответили мне. — Ваше имя позорит советскую науку.

Юрий Орлов вынужден был уехать работать в Армению. В начале 1970-х годов он вернулся в Москву и в 1973-м устроился на работу в ИЗМИРАН, но был уволен по политическим мотивам. В 1976 году основал Московскую Хельсинкскую группу, политзаключенный (1978–1986, выслан из СССР).