До начала XX века обычные городские психиатрические больницы Москвы (на 1896 год, когда принималось решение о проекте Центрального приемного покоя, их было всего две — Преображенская и Алексеевская, а также небольшая клиника Московского университета) были вынуждены размещать у себя арестантов и испытуемых больных, поэтому необходимость открытия специального учреждения для психиатрической экспертизы и содержания душевнобольных арестантов была одной из основных задач Московской городской управы и врачебного сообщества. Обязанность принимать «опасных» больных по распоряжениям административных и полицейских властей значительно осложняла поддержание нормального больничного режима психиатрических лечебниц. Еще в 1886 году при полицейских домах были созданы специальные приемные покои, куда доставляли найденных на улицах больных или арестантов, чтобы «избежать перевозки их в больницы тюремного замка». Однако зачастую в приемных покоях больным не оказывалась адекватная медицинская помощь, а в специализированные заведения их доставляли слишком поздно. Поэтому очень скоро стало очевидно, что нужен Центральный приемный покой с профессиональным персоналом. По согласованию полицейских властей с Московской городской управой и врачебными советами больниц проект был принят, а строительство начато в 1896 году.

Для приемного покоя был выделен участок земли во дворе Пречистенского полицейского дома. Создание проекта здания было поручено инженеру Б. М. Эппингеру, а сам проект обсуждался на заседании Общества невропатологов и психиатров Московского университета. В результате Центральный полицейский приемный покой для душевнобольных был открыт в августе 1899 года. Директором был назначен приват-доцент Московского университета А. Н. Бернштейн, его помощником — В. А. Гиляровский. Медицинский персонал состоял из заведующего, старшего ординатора и трех врачей. Штат больничной прислуги был определен в 24 человека. В 1902 году заведение имело 60 коек (35 для мужчин и 25 для женщин). В нем были организованы патологоанатомическая, биохимическая и психологическая лаборатории, регулярно читались лекции и проводились практические занятия для студентов Московского университета. Приемный покой содержался на средства города и благотворительных обществ. Так, значительные пособия выделялись от Дамского благотворительного общества.

Курированием вопросов медицинской помощи в местах заключения Москвы в конце 1910-х и начале 1920-х годов занимались сразу несколько ведомств: карательный отдел Народного комиссариата юстиции, который в 1919–1920 годах постепенно передал свои полномочия по медико-санитарному делу Наркомздраву; Наркомздрав, внутри которого сменялись различные отделы; а также Медицинская инспекция мест заключения при Мосгорздравотделе во главе с психиатрами Ц. М. Фейнберг и Е. К. Краснушкиным, организованная в Москве в 1918 году. Внутри этих ведомств в 1919–1921 годах происходят дискуссии, инициированные психиатрами, о внедрении квалифицированного психиатрического наблюдения и экспертизы в тюрьмах.

В январе 1919 года психиатрическое бюро медико-санитарного отдела мест лишения свободы Народного комиссариата здравоохранения подает во врачебно-санитарный отдел Моссовета записку «О положении душевнобольных в московских местах заключения» с предложением организовать в городских тюрьмах профессиональный психиатрический надзор и помощь. Как указывается в записке, обычный тюремный персонал не способен распознавать большинство психических расстройств, и очевидно, что требуется регулярное вмешательство квалифицированных экспертов: «Науке известны такие формы душевных болезней, которые даже для культурного тюремного деятеля, не врача, остаются неуловимыми, в то же время настоятельно требующими самого серьезного лечения. [Поэтому] более чем достаточно оснований признать за психиатрической организацией неотъемлемое право инициативного, самостоятельного и вполне независимого вмешательства в область тюремной психиатрии» (ГАРФ. Ф. А482. Оп. 12. Д. 5. Л. 18–19).

Бюро предлагает образовать две специальные комиссии для периодического психиатрического обследования всех тюрем. Члены комиссий должны были вести постоянное наблюдение в местах заключения. Соответственно, они имели бы непривычно широкие полномочия: право неограниченного входа в тюрьмы, право присутствия при допросах, доступ к следственным и судебным материалам, свободу общения с осужденными и подследственными, а также право перевода заключенных в психиатрические больницы для принудительных испытаний (ГАРФ. Ф. А482. Оп. 12. Д. 5. Л. 18–19). В июне 1919 года Мосздравотдел назначает врачей-психиатров во главе с Е. К. Краснушкиным в тюрьмы для профилактического наблюдения.

24 марта 1920 года в Наркомздраве состоялось совещание по вопросу об организации психиатрического надзора в местах заключения Москвы с участием Фейнберг и Краснушкина. В результате совещания были приняты постановления о психиатрическом надзоре, опубликованные в следующем месяце. В частности, была определена процедура психиатрической экспертизы, надзор за психически больными политическими заключенными было решено поручить политически надежным врачам-психиатрам. И, что важнее, было принято решение организовать психиатрические отделения при тюремных больницах (ГАРФ. Ф. А482. Оп. 12. Д. 5. Л. 22).

В апреле заведующий нервно-психиатрической секции лечебного отдела Наркомздрава дает ответ на запрос о целесообразности создания специальных отделений для психических больных, заключенных при обычных городских психиатрических больницах. В ответе было указано, что это нецелесообразно, в частности, потому, что введение охраны противоречит современным «требованиям науки и практики психиатрического дела».

Испытуемые, по отношению к которым власти предъявляют требование содержания их под стражей, не могут содержаться в общих психиатр. больницах, так как введение стражи в психиатр. больницы при современном состоянии психиатрической науки недопустимо. Поэтому испытание их в срочном порядке может производиться в соответствующих отделениях тюр. больниц или особо диагностических институтах с режимом, приближающимся к общим психиатр. больницам, а по окончании испытания в случае признания их душевнобольными они переводятся в существующие психиатр. учреждения, где и содержатся на общих основаниях с другими больными.

ГАРФ. Ф. А482. Оп. 3. Д. 198. Л. 15

Устанавливался следующий порядок: психиатры вели в местах заключения амбулаторный прием, осматривали заключенных, отбирали тех из них, у кого обнаруживали признаки психических болезней, и направляли в специальное психиатрическое отделение. Первое такое специальное психиатрическое отделение на 50 коек было открыто еще в 1919 году в Московской губернской тюремной больнице. В начале мая 1921 года по распоряжению заведующего Мосздравотделом в тюремное психиатрическое отделение была преобразована Пречистенская психиатрическая лечебница. На недолгий срок — до 1922 года — она называлась Пречистенской психиатрической лечебницей для заключенных.

Главным врачом был назначен Евгений Николаевич Довбня (1880–1947) — он занимал этот пост до 1930 года. Ординаторами — Н. Н. Лавреньев, А. М. Рапопорт, Н. П. Бруханский, Д. А. Аменицкий. Дежурными врачами — Н. Г. Холзакова, Н. С. Молоденков, В. А. Белоусов. К декабрю 1921 года число штатных коек увеличилось до 110. Учреждение было обязано принимать больных из всех московских мест заключения, из Московской губернии, а также из других губерний (в случае тяжелых форм заболеваний).