Философский факультет существовал в Московском университете с момента его основания, однако с 1850 года (при императоре Николае I) преподавание философии фактически прекратилось. По этому поводу известно высказывание министра народного просвещения А. П. Ширинского-Шахматова: «Польза от философии весьма сомнительна, а вред очевиден / возможен».

Факультет был восстановлен при слиянии с ИФЛИ только в 1941 году во время эвакуации в Ашхабаде, то есть уже после Большого террора. Однако и 1940–1950-е годы не были спокойным временем, в том числе для философии: это и дискуссия 1947 года по книге Георгия Александрова «История западноевропейской философии», в ходе которой автор обвинялся в «буржуазном объективизме» и недостаточном следовании принципу партийности (главным обвинителем был А. Жданов, а стенограмма дискуссии образовала самый первый номер журнала «Вопросы философии», который выходит по сей день); это и история разгрома так называемых тезисов о предмете философии молодых преподавателей Эвальда Ильенкова и Валентина Коровикова (авторы обвинялись в рецидиве «меньшевиствующего идеализма» и были уволены из МГУ).

Проработкам подвергались и философы с дореволюционным прошлым, связанные еще с Серебряным веком, — Валентин Фердинандович Асмус и Алексей Федорович Лосев.

В XX века химия как наука развивалась стремительно, и немалую роль в этом развитии сыграл Химический факультет МГУ. Однако репрессии и затруднения научной работы сотрудников не обошли стороной этот факультет МГУ. Люди, приближенные к власти, в химии разбирались мало, она их интересовала только в области промышленности и производства, в научных же изысканиях они почти ничего не понимали, порой останавливая перспективнейшие и передовые исследования.

Декан химфака (в 1948 и 1949 годах), академик Алексей Александрович Баландин, создатель мультиплетной теории гетерогенного катализа, арестовывался дважды. Первый раз с июля 1936 года по май 1939 года он был сослан в городе Чкалов, где преподавал математику в средней школе для взрослых. По сообщению его дочери, которая знакомилась с делом отца, в НКВД поступил донос о том, что в лаборатории отца изготавливаются взрывчатые вещества для террористических актов против советского руководства. По свидетельству ученика Баландина Л. Х. Фрейдлина следователь, который вел дело Баландина, вызывал сотрудников лаборатории органического катализа и предлагал им оговорить своего учителя, но ни один из них не позволил себе бросить тень на талантливого ученого и прекрасного человека. Николай Дмитриевич Зелинский писал письма Горбунову и Молотову (вместе с Курнаковым и Вернадским) и добивался приема у Сталина до тех пор, пока Баландин не был освобожден.

Непременному секретарю Академии наук СССР
Академику Горбунову Н. П.
16-го июля этого года подвергнут аресту заведующий лабораторией органического катализа Академии наук профессор МГУ тов. Баландин Алексей Александрович. Баландин — мой ученик, прошедший университетскую школу в условиях советской государственности. Еще будучи студентом, он обнаружил определенное стремление к научной работе, которую продолжает вести в течение четырнадцати лет и до последних дней с большим успехом. Научные интересы лаборатории органической химии МГУ, директором которой я состою, давно уже связаны были с каталитическими реакциями углеродистых соединений. Баландин примкнул к работам в этой области с той энергией и талантом, которые так необходимы для выяснения и решения основных вопросов катализа: кинетика, поверхностные явления на катализаторах, значение и роль активных центров, теория мультиплетов, им созданная, позволяющая разобраться в том удивительном механизме дегидрогенизационного катализа, который присущ только гексагидроароматическим соединениям и неприменим для остальных циклических систем. Своими теоретическими и экспериментальными исследованиями, расширившими и углубившими значение теории мультиплетов для понимания и предвидения течения контактных процессов в явлениях распада, синтеза и диссоциации органических молекул, Баландин завоевал себе имя серьезного и очень талантливого исследователя в мировой науке. С созданной им теорией считаются, ее выводами пользуются, и выводы эти проверяются на опыте всеми химиками, работающими в этой интересной и важной области.
Баландин, несмотря на свои еще молодые годы, пользуется заслуженной и справедливой мировой известностью; с ним считаются, постоянно цитируют его исследования выдающиеся ученые за границей и у нас в Союзе. Он собрал уже вокруг себя школу ближайших своих сотрудников, которые с успехом ведут исследовательскую работу.
Считаю очень ценным то обстоятельство, что Баландин овладел высшим математическим анализом, не состоя студентом Математического отделения, и это дает в руки его то орудие, без которого во многих отделах химии нельзя уже плодотворно научно работать.
Считаю Баландина хорошо образованным химиком в лучшем смысле этого слова и хочу этим сказать, что он не представляет узкого специалиста в той или иной области химического значения.
Такую характеристику Баландина я даю на основании продолжительной совместной научной работы и непрерывного общения с ним; эта характеристика вытекает из всей его выдающейся творческой деятельности как в области теоретической, так и экспериментальной. Его труды, стоящие на научной высоте работ действительных членов Академии наук, получили в этом году должную оценку присуждением ему Комиссией Академии наук Менделеевской премии.
За все время работы Баландина в МГУ и Академии он проявил себя и как весьма деятельный общественник и организатор коллектива научных работников, а многие годы совместной работы я никогда не слышал о нем плохого мнения со стороны общественности, и, насколько мне было известно, он всегда был на хорошем счету, никогда ни в чем не был замечен. Крайне поражен происшедшим именно потому, что всегда знал его как талантливого человека, скромного, трудолюбивого и честного.
Я совершенно уверен в том, что Баландин не мог совершить какого-либо поступка, который был бы политически не совместим со всем строем социалистического строительства в нашей родине.
Я не выдвигал бы его по дороге академической и научной деятельности, если бы у меня явилось сомнение, что он не может быть честным советским гражданином. Такого сомнения у меня ни разу не возникало, и я оставался вполне спокойным за выдвигаемую мною кандидатуру. Арест Баландина поэтому больно отразился и на мне, и я жду с нетерпением выяснения его невиновности.
Баландин слабого здоровья, страдает отитом и началом развития глаукомы; его до выяснения дела необходимо было бы поместить в больницу. Слабое здоровье (начало глухоты и слепоты) этого выдающегося молодого ученого требует к себе бережного отношения, так как нельзя допустить, чтобы Союз наш и наша советская наука потеряли столь ценного человека.
2.VIII-36 года
Академик Зелинский

АРАН. Ф. 407. Оп. 6. Д. 20. Л. 39–40

Второй арест состоялся в 1949 году, когда Баландин был привлечен к «красноярскому делу». 31 марта 1949 года состоялся обыск в квартире Баландина, в ходе которого конфисковали 12 неоконченных работ, полевой бинокль, пианино и старинные книги. Алексея Александровича осудили на 10 лет исправительно-трудового Норильского лагеря. При попытке Зелинского вмешаться ему дали понять, что это приведет к обратному результату и, кроме того, плохо кончится для самого Зелинского (которому к тому времени исполнилось почти 80 лет). В Норильлаге Баландин работал дневальным по цеху, позднее создал лабораторию по получению активного никелевого порошка.

ХХ век оказался веком коренных изменений в физике. К началу века накопилось достаточно противоречий, показывающих несостоятельность принципов, основанных на интуитивном человеческом представлении о природе. Реальное ее устройство оказалось странным, запутанным и чрезвычайно сложным. Новая физика, основанная на квантовой механике и теории относительности, требовала нового математического аппарата и новых взглядов на пространство и время, массу и энергию, случайность, причинно-следственную связь. Это вызвало споры среди физиков и философов о сущности материи и методологии физического исследования. Большинство физиков разделили взгляды своего коллеги Эрнста Маха, считавшего, что цель науки — упорядочить и сопоставить реальные данные опытов, строя на их основе абстрактные понятия и законы. Это философское направление получило имя махизма. В. И. Ленин в своей грубо написанной статье «Материализм и эмпириокритицизм» назвал такое рассмотрение методологии физическим идеализмом. Он считал, что это течение пытается вытеснить материализм из физики и заменить его идеализмом. Так как в основе его философского мировоззрения лежал диалектический материализм, Ленин в той же статье доказывал ошибочность физического идеализма и утверждал, что современная физика будет построена на началах диалектического материализма. В 1920-е эта статья запустила процесс идеологизации физики, астрономии, химии. Многие «физики» стали оценивать научные работы не только по объективным критериям, таким как согласие теории и эксперимента, но и по взглядам на методологические проблемы науки ее авторов. Процесс этот длился вплоть до 1954 года.

Таким образом, в СССР у «физиков» появился универсальный способ для травли своих более успешных коллег — обвинение в физическом идеализме. Эти обвинения создавали множество проблем оклейменным и приводили к репрессиям. Идеологизация способствовала расцвету лженауки и вырождению научных и руководящих кадров на физическом факультете МГУ до войны и закончилась борьбой с космополитизмом после. Главными «борцами» с физическим идеализмом на физическом факультете МГУ были профессор теоретической физики А. К. Тимирязев и партийный философ и член ВКП(б) Максимов. Они также являлись членами редколлегии философского журнала «Под знаменем марксизма», на страницах которого и критиковали новую физику и своих коллег. Крупный партийный журнал задавал официальную линию последующим дискуссиям. Примечательно, что эта критика новой физики печаталась именно в философском, а не физическом журнале, — любому нормальному физику очевидна абсурдность публикуемых там утверждений.

В 1950-е МГУ даст такую характеристику А. К. Тимирязеву:

А. К. Тимирязев вел непримиримую борьбу с троцкистами и меньшевиствующими идеалистами, как вне университета, так и особенно на физическом факультете… Публичные выступления А. К. Тимирязева против идеалистических шатаний — как зарубежных буржуазных, так и ряда советских физиков — является образцом партийности и большевистской непримиримости в борьбе за чистоту марксистско-ленинской методологии в науке.

Андреев А. В. Физики не шутят: Страницы социальной истории научно-исследовательского Института физики при МГУ (1922–1954)

Дорогой Петр Леонидович,
По Вашей просьбе пишу Вам о делах Московского университета.
Двухмесячное пребывание мое в должности заведующего кафедрой теоретической физики Московского университета позволило мне несколько ближе познакомиться с тем глубоко ненормальным положением, которое создалось на Физическом Факультете МГУ. Мне хочется сообщить Вам те выводы, к которым я пришёл.

1. Несмотря на то, что в состав Физического Факультета входят отдельные крупные физики (Вы, акад. Л. И. Мандельштам, чл. корр. АН проф. М. А. Леонтович, чл. корр. АН проф. Д. В. Скобельцин и немногие другие) эти ученые фактически отстранены от руководства факультетом и никакого влияния на дела факультета не имеют; мало того, такой крупный физик-спектроскопист как чл. корр. А. Н. проф. Г. С. Ландсберг вынужден был даже перейти на другой (математический) факультет. С мнением этих крупнейших физиков администрация университета абсолютно не считается и о них вспоминает только тогда, когда надо блеснуть чьим-нибудь именем.
2. Состав факультета засорен весьма многочисленной группой посредственных физиков, из которых некоторые давно прекратили научную работу и в современной физике совершенно не разбираются. К этой группе принадлежат: декан, член-корр. проф. А. С. Предводителев, профессора: Ильин, Кастерин, Тимирязев, Корчагин, Теодорчик, Млодзеевский, Семенченко, Капцов, чл. корр. А. Н. проф. Аркадьев, проф. Глаголева-Аркадьева и многие другие, составляющие в общей сложности большинство (более 2/3 ученого совета факультета). Особо выделяется своею агрессивностью член АН БССР проф. Н. С. Акулов, печатающий ошибочные (чтобы не сказать лженаучные) статьи по химической кинетике и применяющий совершенно недопустимые полемические приемы против своих научных противников.
3. Руководство факультетом находится в руках проф. А. С. Предводителева, который, хотя по-своему человек и добросовестный и посвящает своим обязанностям много времени, но объективно приносит большой вред университету тем, что занимает пост, абсолютно не соответствующий его слабой научной квалификации. А. С. Предводителев имеет ряд ошибочных работ (неошибочные его работы мне не известны) и современной физики не знает и не понимает ее духа. Общее же направление его, как и ряда других влиятельных членов факультета можно характеризовать стремлением опровергнуть существующие физические теории путем возвращения к старым идеям. Я не хочу сказать, что все существующие физические теории незыблемы, но естественный ход развития физики показал, что опровержение или радикальное изменение старой теории возможно только с высшей точки зрения, причем оно наступает само собой когда старая теория оказывается пройденным этапом. А. С. Предводителевым же и его единомышленниками поддерживается стремление к «опровержению» ради «опровержения»: сперва ставится задача что-то опровергнуть, а затем подыскиваются (притом, разумеется, всегда неудачно) средства для этого. Примерами поддержки таких опровергательных тенденций могут служить:

а) выдвижение и защита лженаучной работы Кастерина, содержащей попытку получения уравнений электромагнитного поля гидродинамики (напечатана в отд. издании Академии наук в 1937 г.; уничтожающий критический разбор её, написанный по поручению Академии, напечатан в Известиях Физического отделения Ак. наук в 1938 или 1939 г.)

б) напечатание средствами МГУ нелепой книги Н. С. Акулова «Основы химической кинетики»;

в) поддержка неверных идей профессора МГУ А. А. Власова. Проф. А. А. Власов играет настолько активную роль на факультете, что о нем стоит сказать подробнее. Это — молодой профессор, недавно сделавший хорошую работу по теории электронной плазмы и защитивший ее в качестве докторской диссертации. Он — способный человек, крайне самолюбивый и неуравновешенный. Он ученик А. С. Предводителева и И. Е. Тамма. В настоящее время он фанатично увлечен неверной идеей о том, что метод, примененный им к решению задачи о плазме, имеет будто бы универсальный характер. Он вообразил, что ряд разнородных явлений, как то: сверхтекучесть гелия, сверхпроводимость, флюктуации, упругость и пр. (явления, которые на самом деле едва ли между собой связаны) имеют общую причину — наличие «далеких взаимодействий». При этом он думает, что эта причина может быть учтена его формальным методом. Убедительных доводов в пользу своей идеи он привести не в состоянии, но он часто выступает с декларациями о том, что нужно «искать новых путей в науке» и т. п., причем выставляет себя новатором, а всех прочих (внеуниверситетских физиков) консерваторами. Убежденности, с которой он произносит свои декларации и следует приписать, вероятно, то влияние, которым он пользуется в ВКВШ и МГУ (об этом влиянии можно судить по тому, что мое несогласие на назначение Власова моим заместителем явилось, по-видимому, достаточной причиной для моего увольнения из МГУ). А. С. Предводителев всячески внушает А. А. Власову, что он гений, и этим, по моему, губит его: из него мог бы выработаться настоящий учёный, а сейчас он стоит на прямом пути к тому, чтобы стать лжеучёным.

4. Таким образом, личный состав физического факультета МГУ (в особенности же молодые сотрудники) не только лишён правильного научного руководства, но и испытывает настойчивое давление в сторону лженауки. Средства, которыми укрепляется существующее ненормальное положение вещей и при помощи которых оказывается давление, разнообразны:

а) недопущение выдающихся советских физиков, особенно из числа активно боровшихся с лженаукой (например, чл.корр. АН СССР проф. И. Е. Тамма) к работе в МГУ,

б) показное допущение (для «марки») отдельных настоящих ученых на факультет при фактическом устранении их от участия в делах факультета и при настойчивом противодействии их мероприятиям даже в пределах порученной им кафедры (например, моя попытка работать на кафедре теоретической физики),

в) подбор личного состава из числа молодежи не по признаку талантливости, а по признаку поддержки существующего руководства или «непротивления» ему;

г) выдвижение и представление ученых степеней, аспирантских, докторских и других стипендий, квартир, пайков и т. п. не талантливым, а «покорным» людям, в результате чего самостоятельно мыслящая талантливая молодежь бежит из университета, а способные молодые люди, кончающие среднюю школу и желающие стать научными работниками в области физики, вообще не идут в Московский университет;

д) распространение ложных сведений о нежелательных руководству лицах (например, обо мне, будто я хочу уволить половину состава кафедры, в том числе проф. Блохинцева, которого я на самом деле не только не хотел уволить, но назначил своим заместителем; о И. Е. Тамме, будто бы он в свое время ушел из университета хлопнув дверью и т. п.);

е) использование лозунга самобытности русской науки для поддержки лженауки.

5. В результате группа физиков, играющая руководящую роль в МГУ, совершенно отгородилась от основной массы советских физиков и научных физических школ Советского Союза. Создалось такое положение, что работать в университете считается почти что неприличным. Это всеобщее мнение не лишено основания, так как на подчинение господствующему на факультете духу уважающий себя человек не пойдет. Вместе с тем, указанная группа университетских физиков позволяет себе выступать от имени русской физики в целом: так было например, на конференции в МГУ 5–12 мая с. г., где доклады о русской физике делали лица, не имеющие ни одной хорошей научной работы, причём высказывали иногда полное незнание современной физики.
6. Принятое недавно Советом Московского Университета постановление о замещении всех профессорских и доцентских должностей по конкурсу, автоматически ведет к стабилизации существующего положения на всех факультетах. Если эта стабилизация желательна и полезна на тех факультетах, где (как, например, на математическом) положение удовлетворительно, то она крайне нежелательна на физическом факультете.
7. Представитель ВКВШ тов. С. В. Кафтанов не отдаёт себе, по-видимому, полного отчета в ненормальном положении на физическом факультете МГУ, а замечает только отдельные, более внешние его стороны, например, отчужденность университетских физиков от академических. Основных же линий раздела: талант — посредственность, наука — лженаука, он как бы не замечает. Мне кажется, что по мнению тов. Кафтанова существуют две приблизительно равноценные в научном отношении группы физиков: «университетская» и «академическая», и он одинаково терпимо относится к обеим группам. Идти против господствующего на физическом факультете течения он не хочет и, в частности, никакой поддержки моим попыткам улучшить положение, хотя бы в масштабах кафедры теоретической физики он не оказал.

Делясь с Вами моими впечатлениями о положении на физическом факультете, я не затрагиваю здесь вопроса о том, что нужно сделать, чтобы исправить это положение. Мне кажется, однако, что нужно начать с того, чтобы:

а) ходатайствовать перед Правительством о назначении авторитетной комиссии из числа академиков-физиков для обследования положения на факультете и

б) добиться смены руководства факультетом, т. е. увольнения с должности декана проф. А. С. Предводителева и назначения деканом настоящего ученого, притом имеющего достаточный административный опыт. Если Вы предпримете в этом направлении шаги, я готов буду их поддержать.

Преданный Вам — В. Фок. 5 июля 1944 года

C МГУ (1-м МГУ, как университет назывался в 1920-е годы) связан, вероятно, самый счастливый этап — обучение в университете в 1926–1928 годах. В главном здании МГУ Шаламов появлялся редко, факультет советского права располагался рядом с консерваторией на ул. Герцена (сейчас — Большая Никитская). Но он был постоянным читателем в Фундаментальной библиотеке МГУ, а также участником дискуссий, связанных с деятельностью антисталинской оппозиции, участником которой он стал именно в МГУ.

В одном из рукописных вариантов «Вишеры», который не вошел в печатную версию, В. Т. Шаламов пишет: «Я был свидетелем, как на открытом партийном собрании в Коммунистической аудитории в новом здании МГУ ударили по физиономии ректора университета Андрея Януарьевича Вышинского. Вышинский перебивал речи оратора из оппозиции, свистел, вставляя пальцы в рот» (РГАЛИ. Ф. 2596. Оп. 2. Д. 65. Л. 30).